Subito dopo la morte, il corpo di San Francesco venne condotto nella chiesetta di San Giorgio, entro le mura della città, in attesa di essere riposto in un tempio dove potesse essere venerato dai fedeli. Aveva lasciato ai suoi seguaci la disposizione di essere tumulato nel posto più triste di Assisi, il colle chiamato dell'Inferno. Veniva così chiamato perché vi venivano eseguite le esecuzioni capitali. Qui sorgerà la Basilica di San Francesco e il nome del colle verrà mutato in "Colle del Paradiso".
La Basilica fu voluta da Gregorio IX che, con la collaborazione di frate Elia, diede avvio ai lavori dopo aver proclamato santo Francesco il 16 luglio 1228. Volle che la "speciale chiesa", edificata per custodire i resti mortali del santo venisse considerata in perpetuo "Caput et Mater" dell'intero Ordine Francescano. La Basilica Inferiore fu ultimata il 25 maggio 1230, (dopo soli due anni, grazie ai numerosi lasciti di fedeli facoltosi) e vi venne sistemato il corpo del santo. La Basilica Superiore fu realizzata negli anni 1230-1239 e non fu oggetto di modifiche, mentre in quella Inferiore alla fine del XIII sec. vennero ricavate le cappelle laterali. Furono consacrate da papa Innocenzo IV nel 1253. Negli anni dal 1250-1330 vennero affrescate dai migliori decoratori e pittori dell'epoca.
La Basilica Inferiore
L'ingresso della Basilica Inferiore è sul piazzale omonimo. L'arco è del Quattrocento ed è sorretto da due colonne, al di sotto si può ammirare il portale gotico a due ingressi. Sopra il portone vi è la scritta "Indulgenza plenaria quotidiana perpetua".
La chiesa ospita la tomba di san Francesco. Nel 1932 furono tumulati attorno alla tomba i corpi dei suoi quattro primi fedelissimi compagni: frate Leone, frate Masseo, frate Rufino e frate Angelo. All'incrocio delle scale della cripta riposa la nobildonna Jacopa de' Settesoli, spiritualmente legata al santo, che affettuosamente la chiamava "frate Jacopa".
La Basilica Superiore
Nella parte superiore della basilica, gli affreschi narrano le vicende del Vecchio e del Nuovo Testamento e non si hanno certezze riguardo alla paternità dell'opera (un tempo attribuita a Giotto). Nessun dubbio invece si nutre sulle pitture della parte inferiore, appartenenti a Giotto e alla sua scuola. Viene rappresentata, in 28 tavole, la vita del Santo, basandosi sulla Leggenda di San Bonaventura. Nella parte sinistra del transetto possiamo ammirare la Crocifissione di Cimabue, notevolmente deteriorata. Vi si trovano anche altre scene ispirate all'Apocalisse. Sempre di Cimabue sono gli affreschi dell'abside, così come vari episodi della vita di San Pietro, sulla parte destra del transetto.
{Fonte delle notizie: it.wikipedia.org}
